Preview

Трансляционная медицина

Расширенный поиск

Конструирование праймеров для ПЦР в программе Primer-BLAST

https://doi.org/10.18705/2311-4495-2021-8-3-37-52

Полный текст:

Аннотация

Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) широко применяется для решения разнообразных задач. Так, в клинико-лабораторной диагностике ПЦР используют для детекции патогенов бактериальной и вирусной природы, при диагностике наследственных заболеваний и для установления отцовства. Существует три модификации метода, которые позволяют проводить качественную, полуколичественную и количественную оценку присутствия молекул нуклеиновых кислот. В основе метода лежит многократное удвоение фрагмента ДНК или РНК, в результате чего синтезируется значительное число копий интересующего участка нуклеиновой кислоты. Необходимыми компонентами реакции являются молекулы ДНК или РНК, которые служат матрицей для синтеза новых молекул; полимераза — фермент, который синтезирует новые цепи ДНК; и короткие олигонуклеотиды — праймеры, которые необходимы для работы фермента и являются специфичными к фрагменту интереса. На данный момент имеется не так много инструментов для конструирования праймеров, которые были бы одновременно простыми в использовании и общедоступными. Одним из таких инструментов является онлайн-ресурс Primer-BLAST, интегрированный в базу данных NCBI. Его преимуществами являются информативность, наглядность и свободный доступ к актуальной информации баз данных, таких как GenBank, RefSeq, данных о геномах и транскриптах. Но и для этого ресурса отсутствуют подробные инструкции по конструированию праймеров. Данная статья является обновлением для выпущенного ранее учебного пособия и представляет пошаговое руководство по поиску целевых участков ДНК, подбору праймеров, и оценке качества имеющихся праймеров. В тексте отражен личный опыт авторов, призванный помочь исследователям, работающих с ПЦР.

Об авторах

А. А. Козырева
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр имени В. А. Алмазова» Министерства здравоохранения Российской Федерации
Россия

Козырева Александра Анатольевна, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник Института молекулярной биологии и генетики

ул. Аккуратова, д. 2, Санкт-Петербург, 197341



А. М. Злотина
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр имени В. А. Алмазова» Министерства здравоохранения Российской Федерации

Злотина Анна Михайловна, кандидат биологических наук, научный сотрудник Института молекулярной биологии и генетики

Санкт-Петербург



А. С. Головкин
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр имени В. А. Алмазова» Министерства здравоохранения Российской Федерации

Головкин Алексей Сергеевич, доктор медицинских наук, ведущий научный сотрудник Института молекулярной биологии и генетики

Санкт-Петербург



O. В. Калинина
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр имени В. А. Алмазова» Министерства здравоохранения Российской Федерации

Калинина Ольга Викторовна, доктор биологических наук, декан факультета биомедицинских наук Института медицинского образования

Санкт-Петербург



А. А. Костарева
Федеральное государственное бюджетное учреждение «Национальный медицинский исследовательский центр имени В. А. Алмазова» Министерства здравоохранения Российской Федерации

Костарева Анна Александровна, доктор медицинских наук, директор Института молекулярной биологии и генетики

Санкт-Петербург



Список литературы

1. Ye J, Coulouris G, Zaretskaya I, et al. PrimerBLAST: a tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics. 2012;13:134. DOI: 10.1186/1471-2105-13-134.

2. Козырева А.А., Калинина О.В., Злотина А.М. и др. Дизайн праймеров с использованием баз данных NCBI: учебное пособие для аспирантов и магистрантов к практическим занятиям. СПб.: Изд-во СПбГЭТУ «ЛЭТИ», 2021. 31 с.

3. NCBI. National Center for Biotechnology Information Search database. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ (01 May 2021).

4. Primer-BLAST. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi (01 May 2021).

5. Gene https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term= (01 May 2021).


Для цитирования:


Козырева А.А., Злотина А.М., Головкин А.С., Калинина O.В., Костарева А.А. Конструирование праймеров для ПЦР в программе Primer-BLAST. Трансляционная медицина. 2021;8(3):37-52. https://doi.org/10.18705/2311-4495-2021-8-3-37-52

For citation:


Kozyreva A.A., Zlotina A.M., Golovkin A.S., Kalinina O.V., Kostareva A.A. Primer designing in Primer-BLAST. Translational Medicine. 2021;8(3):37-52. (In Russ.) https://doi.org/10.18705/2311-4495-2021-8-3-37-52

Просмотров: 33


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2311-4495 (Print)
ISSN 2410-5155 (Online)