История журнала «Трансляционная медицина» ведёт свой отсчет с 2009 года. Инициатива создания нового журнала принадлежала директору Центра им. В.А. Алмазова, Шляхто Евгению Владимировичу, он и стал главным редактором журнала. Первые три года своего существования журнал выпускался под названием «Бюллетень Федерального центра, крови и эндокринологии им. В.А. Алмазова» и служил, главным образом, для публикации экспериментальных, обзорных и проблемных статей сотрудников и аспирантов Центра.

В 2014 году журнал начинает выходить под своим современным названием, «Трансляционная медицина». Изменение названия журнала отражало изменение направления деятельности журнала и было продиктовано возросшей актуальностью переработки полученных в последние годы фундаментальных научных данных в высокоэффективные диагностические и лечебные технологии.

Таким образом, «Трансляционная медицина» становится специализированным журналом, посвященным трансляционным исследованиям в медицине и направленным на привлечение внимания специалистов к вопросу трансляционных исследований, и следовательно способствующим ускорению прогресса медицины.

С 2015 года журнал включен в перечень ведущих рецензируемых научных журналов, рекомендуемых Высшей аттестационной комиссией России для опубликования основных научных результатов диссертации на соискание учёной степени кандидата и доктора наук.