Вахрушев Юрий Алексеевич, ассистент кафедры клинической лабораторной диагностики и генетики
ул. Аккуратова, д. 2, Санкт-Петербург, 197341
Vakhrushev Yuriy A., assistant, Department of Clinical Laboratory Diagnostics and Genetics
Akkuratova str. 2, Saint Petersburg, 197341
Козырева Александра Анатольевна, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник, Институт молекулярной биологии и генетики
Санкт-Петербург
Kozyreva Alexandra A., PhD, senior researcher, Institute of Molecular Biology and Genetics
Saint Petersburg
Жук Сергей Владимирович, младший научный сотрудник, НИЛ молекулярного и клеточного моделирования и генной терапии
Санкт-Петербург
Zhuk Sergey V., junior researcher, Research Laboratory of Molecular and Cellular Modeling and Gene Therapy, World-class research centre for personalized medicine
Saint Petersburg
Ротарь Оксана Петровна, кандидат медицинских наук, заведующий НИЛ эпидемиологии артериальной гипертензии, НИО Артериальной гипертензии
Санкт-Петербург
Rotar Oksana P., Candidate of Medical Sciences, Head of the Research Laboratory of Epidemiology of Arterial Hypertension
Saint Petersburg
Костарева Анна Александровна, доктор медицинских наук, директор Института молекулярной биологии и генетики
Санкт-Петербург
Kostareva Anna A., MD, DrSci, Director of the Institute of Molecular Biology and Genetics
Saint Petersburg
Актуальность. Ген тайтина (в русскоязычной литературе можно встретить также название титин/ коннектин) ассоциирован с развитием кардиомиопатий, однако его крупные размеры (294 тыс. пар оснований) обусловливают большое число уникальных генетических вариантов, интерпретация которых затруднена. Кроме того, на сегодняшний день не существует данных по спектру вариантов в условно здоровой российской популяции. Определение частоты и спектра вариантов тайтина позволит интерпретировать результаты молекулярно-генетического обследования у пациентов с сердечно-сосудистыми патологиями и оценить прогноз течения этих заболеваний.
Цель. Изучить спектр и частоту однонуклеотидных и укорачивающих вариантов в гене тайтина в условно здоровой российской популяции и сравнить с данными международных регистров, а также оценить степень их патогенности и распределение по структуре белка.
Материалы и методы. В исследование включены 192 мужчины в возрасте 55,8 ± 6,6 лет. Им было выполнено молекулярно-генетическое обследование при помощи технологии высокопроцессивного секвенирования, основанной на использовании набора целевых зондов ко всем кодирующим экзонам тайтина, с последующим подтверждением полученных генетических вариантов секвенированием по Сэнгеру.
Результаты. Аллельная частота миссенс-вариантов (с частотой менее 0,1 %) в гене тайтина в условно здоровой российской популяции составила 15,1 %, а укорачивающих вариантов — 0,52 %. По распределению с точки зрения патогенности 37,9 % из них являлись вариантами неопределенной значимости, 62 % — вероятно доброкачественными и 0,1 % — доброкачественными. Патогенных и вероятно патогенных вариантов выявлено не было. Найденные генетические варианты равномерно распределялись по всей длине молекулы тайтина.
Заключение. Вышеуказанные результаты совпадают с данными международных исследований и регистров. Использованный нами лабораторный метод секвенирования нового поколения с последующим подтверждением полуавтоматическим секвенированием по Сэнгеру может применяться в клинической практике и при создании базы данных генетических вариантов условно здоровой российской популяции.
Background. Gene TTN associated with all types of cardiomyopathy, however its large size (294 b.p.) warrants a lot of individual unique genetic variants or variants with low frequency, that aggravates their interpretation. Besides that nowadays there is no data about spectrum of variants in this gene in healthy Russian population. Recognition frequency and spectrum of variants in gene TTN in healthy Russian population will allow us to use it for interpretation results of molecular genetic research for patients with different heart pathology, and define prognosis for different heart diseases.
Objective. Recognize frequency and spectrum of single nucleotide and truncating variants in gene TTN in healthy Russian population and compare it with international data bases, and evaluate level of pathogenicity these variants and their distributing across titin structure.
Design and methods. 192 men in age 55,8±6,6 years were tested with next-generation sequencing. Identified genetic variants were confirmed by Sanger sequencing. Results. Allele missense variant frequency (with frequency less than 0.1%) in TTN in healthy Russian population amount to 15.1 %, and truncating variants — 0.52 %. 37,9 % of them were variants of unknown significance, 62 % — likely-benign and 0.1 % — benign. There was no pathological and likely-pathological variants. Identified genetic variants distributed throughout the titin structure.
Conclusion. Received result is congruent с international data bases and researches. Expended laboratory method (Next generation sequencing and confirmation with Sanger sequencing) can be used both in clinical practice, and in creating data bases of genetic variants in healthy Russian population.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.